《中国医学科学院学报》主要报道我国在医学科学领域的最新研究成果，刊登具有国内外先进水平的基础医学、临床医学、预防医学、生物医学、药学及与医学有关的边缘学科的高水平、高质量的科研论文。主要栏目有院士论坛/述评、专家论坛/述评、论著、综述、技术方法、经验交流、研究简报、论著摘要、病例报告、科技消息、书评等。自2000年第4期开始，《学报》根据医学领域研究前沿或热点课题及当前重大疾病，每期开设一个重点专题，以突出每期报道重点。重点专题来稿均为国内各相关领域具有较大学术影响的学科带头人的研究成果， 基本反映了国内各相关领域的最高水平。

《中国医学科学院学报》1992年第一届全国优秀科技期刊三等奖；1996年第二届全国优秀科技期刊二等奖；2001年中国期刊方阵双百期刊；2004年卫生部首届医药卫生优秀期刊一等奖；第三届国家期刊奖百种重点期刊奖；美国生物医学文献联机数据库（MEDLINE/PubMed）及其《医学索引》（IM）， 荷兰《医学文摘》数据库（EMBASE)、美国化学文摘数据及其《化学文摘》（CA）等收录、中国期刊方阵－双百期刊，第三届国家期刊奖百种重点期刊及卫生部首届医药卫生优秀期刊评比一等奖。