《微生物学报》是以微生物学基础研究和应用基础研究以及高技术创新为主的综合性学术刊物。他反映我国微生物学研究领域中最新成果，促进国内外学术交流，为我国的经济建设服务。主要报道我国普通微生物学、工业、农业、医学、兽医微生物学，病毒学，免疫学和微生物学有关的生物工程等方面的研究论文、研究简报和小型综述等。

《微生物学报》对象是国内外从事微生物学研究工作及与微生物学有关的科研管理和教学人员。本刊是国自然科学核心期刊，被国内外著名的文摘刊物和数据库收录，是我国最早被世界最大医学文献数据库“MEDIARL”作为医学主题词标引的五个中文期刊之一，2001年被遴选为《国家期刊方阵》双百期刊。该刊发行和交换到40多个国家和地区，多次被评为优秀科技期刊，深受国内外广大读者的好评。

《微生物学报》被文摘与引文数据库、国立医学图书馆生物医学检索系统、《生物学文摘（预评）》、剑桥科学文摘社ProQeust数据库、北大2008版核心期刊，北大2004版核心期刊收录。