《皖南医学院学报》（双月刊）创刊于1974年，是由皖南医学院主办的综合性医学期刊。主要反映学院科研、教学、医疗的新成果和新经验，促进院内外学术交流和科研、教学、医疗水平的提高，同时为教学实习基地的医疗卫生工作者提供学术交流的平台。主要栏目：基础医学、临床医学、时间生物医学、麻醉医学、口腔医学、法医医学、医学心理学、临床护理。

《皖南医学院学报》获全国高等医（药）学院校学报优秀编辑奖；全省高校自然科学学报二等奖。