《首都医科大学学报》是由北京市教育委员会主管、首都医科大学主办的综合性医药卫生类学术期刊。创刊于1980年，曾名为《北京第二医学院学报》、《首都医学院学报》，1996年改为现名,双月刊。

本刊是中文核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国生物医学核心期刊及中国期刊方阵的"双效"期刊；并被国内外众多检索系统收录。本刊刊登国内外医药卫生领域工作者的优秀科研稿件。主要刊发基础医学、临床医学、预防医学、药学等领域的新成果、新技术、新经验。设有专家述评、专题报道、论著(基础研究、临床研究)、技术方法、病例报告、短篇论著、综述、学科简介和名师访谈等栏目。《首都医科大学学报》读者对象是国内外广大生物医学科技工作者和高等医学院校师生。

《首都医科大学学报》获第三届中国高校优秀科技期刊奖，中国科技论文在线优秀期刊一等奖，中国北方优秀期刊奖，中文核心期刊(2008)。