《上海海洋大学学报》（双月刊）创刊于1992年，是以水产科学技术为主的综合性学术期刊。在反映学校各学科科学研究的同时，兼收国内外水产行业最新科学研究动态和成果，促进了学术与教学研究的交流与繁荣。主要栏目有研究论文、研究简报、综述等。据2006年版《中国科技期刊引证报告》（中国科学技术信息研究所）数据显示，《上海海洋大学学报》影响因子由原来的0.287提高到0.368，在全国水产类科技期刊中排名第4位，居上海市高校学报（自然科学版）首位。总被引频次为原来的200提高到291，在全国水产类期刊中排名第5位。被北京大学图书馆定为“中文核心期刊”、被中国科学院文献情报中心定为“中国科学引文数据库来源期刊”、被中国科学技术信息研究所定为“中国科技核心期刊”。

《上海海洋大学学报》获水产类期刊二等奖、全国优秀农业期刊二等奖。主要栏目设有论文、研究简报、综述、渔业资源与管理、水域环境与保护、海洋工程、食品科学与技术、教学与研究。