《华中农业大学学报》为中国自然科学核心期刊，属国家科技论文统计刊源之一。据中国科学引文数据库报道，《华中农业大学学报》是被引频次最多的十大农林期刊之一。《华中农业大学学报》被国际著名的数据库CAB，AGRIS，AGRICOLA收录，是美国《CA》、俄罗斯《文摘杂志》、联合国粮农组织《Agridex》、英国《ZA》等文摘期刊的重要刊源，国内中国科学引文数据库、中国农林文献数据库和所有农业文摘期刊，《中国生物学文摘》等均收录本刊。

《华中农业大学学报》1997年，获第二届全国优秀科技期刊二等奖；1999年，获全国高校自然科学学报及教育部优秀期刊一等奖；2001年，选入新闻出版署期刊方阵“双百”期刊;连续三次入选教育部中国高校精品科技期刊;2009年，获全车高校科技期刊优秀编辑质量奖；2010年，被评为湖北省十大有影响学术期刊（自然科学类）、2012年获“第四届中国高校优秀科技期刊奖”及“第二届湖北省精品期刊奖”。